Em Dragon Ball GT, o Shenlong assume um papel mais complexo e sombrio do que nas sagas anteriores. A história começa com a descoberta das Esferas do Dragão de Estrelas Negras, versões antigas e mais poderosas das esferas originais, criadas por Kami-sama antes de se separar de Piccolo Daimaoh. Ao serem usadas inadvertidamente por Pilaf, elas fazem um desejo inocente — transformar Goku em criança —, mas o uso dessas esferas tem uma consequência terrível: após um desejo ser realizado, elas se dispersam pelo universo, e se não forem reunidas em um ano, o planeta Terra é destruído.

Esse evento coloca Goku, Pan e Trunks em uma jornada cósmica para recuperar as esferas, enquanto o papel de Shenlong fica mais enigmático. Ele aparece apenas brevemente nessa fase inicial, mas seu impacto é imenso, pois o desejo feito a ele define toda a trama de GT. Com o avanço da história, as esferas se tornam um símbolo de desequilíbrio e abuso de poder, refletindo o excesso de vezes que foram usadas ao longo dos anos por Goku e seus amigos.

No arco final, chamado Saga dos Dragões Negros, surge a verdadeira consequência do uso excessivo das Esferas do Dragão. O poder de Shenlong, constantemente requisitado para reverter tragédias e ressuscitar pessoas, acumula energia negativa — e dessa energia nascem sete entidades malignas conhecidas como Dragões das Esferas Negras. Cada um representa um desejo passado e carrega uma esfera corrompida. O que antes era símbolo de esperança se transforma em uma ameaça global.

Enquanto Goku enfrenta dragão após dragão, percebe-se que o ciclo de dependência das esferas trouxe desequilíbrio à Terra e ao próprio Shenlong. No confronto final, Omega Shenlong (Yi Xing Long) — o mais poderoso dos dragões, nascido da esfera de uma estrela — manifesta a força sombria de todas as esferas combinadas. Sua aparição é o ponto máximo da corrupção do poder de Shenlong, mostrando que até mesmo os dons divinos podem gerar destruição quando usados em excesso.

Após uma batalha épica, Goku em sua forma Super Saiyajin 4 consegue derrotar Omega Shenlong com a ajuda de seus amigos e das próprias Esferas purificadas. É então que o verdadeiro Shenlong aparece pela última vez, em um momento de serenidade e mistério. Diferente das invocações anteriores, ele não surge por meio do pedido de um desejo — ele aparece por vontade própria, silencioso e imponente, envolto em uma aura divina.

Shenlong explica que o uso excessivo das Esferas corrompeu o equilíbrio natural do universo e que chegou a hora de encerrá-las. Ele pede que Goku o acompanhe, e o Saiyajin aceita, subindo nas costas do dragão. Nesse instante, as Esferas do Dragão se fundem ao corpo de Goku, que desaparece junto de Shenlong nos céus. A cena é simbólica: representa o fim de uma era e a união entre o herói e o poder divino que sempre guiou sua jornada.

Anos depois, durante o epílogo, as Esferas ressurgem diante de um novo garoto idêntico a Goku, sugerindo que o ciclo de proteção da Terra continua — mas sob uma nova forma. Assim, Dragon Ball GT encerra-se com Shenlong sendo não apenas um concededor de desejos, mas um símbolo de equilíbrio, destino e transcendência.