A história começa após o final de Dragon Ball Z, com Goku treinando com Uub, a reencarnação de Kid Buu. Durante uma visita ao templo de Dende, Pilaf encontra as Esferas do Dragão Negras (Dragon Balls de Estrela Negra) e, por acidente, deseja que Goku volte a ser criança.
Como resultado, as esferas se espalham pelo universo e, se não forem reunidas em um ano, o planeta Terra será destruído. Assim, Goku parte em uma jornada espacial ao lado de Pan (sua neta) e Trunks, enfrentando novos inimigos e explorando planetas cheios de perigos e mistérios.
O verdadeiro perigo surge com Baby, um ser criado pela extinta raça Tuffle, destruída pelos Saiyajins no passado. Baby é um parasita biotecnológico que pode dominar corpos, e busca vingança contra os descendentes dos Saiyajins.
Após uma série de batalhas, Baby chega à Terra e toma o corpo de Vegeta, transformando-se em Baby Vegeta, um dos inimigos mais poderosos de toda a série.
Enquanto a humanidade é controlada pelo parasita, Goku luta no planeta dos Kaioh e atinge uma nova forma através da cauda recuperada — o Super Saiyajin 4, uma fusão entre o poder do macaco gigante e a consciência humana.
Com esse novo poder, ele derrota Baby, que tenta fugir para o espaço, mas é destruído quando o Sol o atinge.
Esse arco é o ponto mais alto da narrativa, simbolizando tanto a vingança de uma civilização quanto a evolução suprema de Goku.
Após a queda de Baby, o equilíbrio do universo é rompido. No inferno, Dr. Gero e Dr. Myuu unem suas inteligências malignas para criar uma fenda entre os mundos e libertar antigas ameaças. Dessa união nasce o terrível Super Androide 17, uma fusão entre o Androide 17 original e sua contraparte criada no inferno.
Os vilões mortos retornam à Terra — incluindo Freeza e Cell — e os Guerreiros Z precisam enfrentá-los novamente. Enquanto isso, Goku fica preso no inferno, tendo de derrotar Freeza e Cell uma vez mais.
Com ajuda de Piccolo e Dende, ele retorna à Terra e trava uma luta intensa contra Super 17, cuja habilidade de absorver energia o torna quase invencível.
A batalha termina quando Goku combina sua inteligência e poder para usar o Punho do Dragão (Dragon Fist), destruindo o androide e restaurando a paz, mais uma vez.
Com o uso excessivo das Esferas do Dragão, energia negativa se acumula nelas, dando origem aos Sete Dragões Negros, cada um representando um desejo feito no passado.
Goku e Pan partem em nova jornada para enfrentá-los um a um — de Haze Shenlong, o dragão da poluição, até o mais poderoso de todos: Omega Shenlong, que possui o poder de todas as esferas reunidas.
Durante o confronto final, Vegeta retorna e desperta seu próprio Super Saiyajin 4, unindo-se a Goku para formar o lendário Gogeta Super Saiyajin 4, cuja força supera qualquer inimigo. Mesmo assim, Omega Shenlong quase destrói o mundo, até que Goku, com a ajuda das pessoas da Terra, cria uma Genki Dama Universal e o derrota definitivamente.
Após a vitória, Shenlong aparece pela última vez, não para conceder um desejo, mas para levar Goku consigo, encerrando o ciclo das Esferas.
O herói se despede silenciosamente de seus amigos e desaparece montado no dragão, simbolizando a ascensão espiritual e o fim da lenda.
Anos depois, Pan, já idosa, assiste a um torneio onde um jovem idêntico a Goku enfrenta um descendente de Vegeta — mostrando que a chama Saiyajin jamais se apagará.
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